WineBottler somt een aantal verschillende programma's op die u gemakkelijk kunt installeren. U kunt bijvoorbeeld verschillende versies van Internet Explorer installeren als u er websites mee wilt testen op uw Mac. De Windows-versie van Steam is beschikbaar en waarmee je enkele Windows-games op je Mac kunt spelen. Kies een van deze opties en WineBottler zal deze applicaties automatisch voor u downloaden, installeren en configureren.

De geïnstalleerde applicatie zal verschijnen onder "Op mijn Mac" in het WineBottler-venster. Je kunt ze hier desgewenst verwijderen. Klik op een toepassing en deze wordt in een venster gestart en krijgt een eigen pictogram op uw dock.

Om een andere toepassing uit te voeren die niet in de WineBottler-lijst voorkomt, kunt u deze eenvoudig downloaden en vervolgens met de rechtermuisknop of Ctrl-klik op het.exe-bestand klikken om Openen met > Wine te selecteren.

WineBottler stelt je in staat om de.exe snel direct uit te voeren, als je wilt. Je kunt er ook voor kiezen om de applicatie te installeren in een Mac.app-bestand gemaakt door WineBottler.

Als u ervoor kiest om het te converteren naar een OS X-toepassingsbundel, wordt u naar het scherm Geavanceerd in WineBottler geleid. Geef het.exe-bestand op dat is gebruikt om de applicatie te installeren en u kunt het installeren als een.app met behulp van de opties hier. Afhankelijk van de toepassing heb je mogelijk verschillende bibliotheken van derden uit de Winetricks-lijst, DLL-overschrijvingsopties of runtime-argumenten hier nodig om het te laten werken.
Dat is echter vaak niet nodig - alleen het rechtstreeks uitvoeren van.exe-bestanden met Wine zou over het algemeen moeten werken.

Als u een toepassing niet kunt laten werken, moet u op internet zoeken naar de naam en "wijn" of "wijnbottelaar" voor tips over welke geavanceerde functies u mogelijk nodig hebt.
Houd in gedachten dat WineBottler het beste is als je een enkel programma of een handvol programma's hebt die goed werken. Als je van plan bent veel software uit te testen of als je software gebruikt die Wine niet goed ondersteunt, heb je een veel betere tijd om het op een virtuele machine te draaien. Deze bieden min of meer gegarandeerde compatibiliteit met Windows-software op een Mac.